Denna dramatiska nedgång speglar en bredare marknadsoro som har gripit Asien-Stillahavsregionen, där flera marknader har fortsatt att falla efter förra veckans utförsäljning. Topix, ett annat viktigt japanskt index, föll också kraftigt med 12,23% och stängde på 2,227.15.
Med denna senaste nedgång har både Nikkei och Topix sjunkit mer än 20% från sina rekordnivåer som noterades den 11 juli i år. Detta bekräftar en björnmarknad för japanska aktier, en term som används när en marknad har fallit minst 20% från sina senaste toppar.
Förutom aktiemarknadens svaga prestanda har yenen stärkts till sin högsta nivå mot dollarn sedan januari och handlades senast till 142,09 yen per dollar. Den starkare yenen kan ytterligare påverka japanska exportföretag negativt.
Bland de största förlorarna på marknaden var tunga handelsföretag som Mitsubishi, Mitsui & Co, Sumitomo och Marubeni. Dessa företag såg sina aktiekurser rasa med över 14%, och Mitsui förlorade nästan 20% av sitt marknadsvärde.