Aktien föll efter detta med 3,1 % i New York till den lägsta nivån sedan november.
"Under ett decennium har Apple missbrukat sin dominerande ställning på marknaden för distribution av musikströmningsappar genom App Store," sade EU:s konkurrenschef Margrethe Vestager. "De gjorde detta genom att begränsa utvecklare från att informera konsumenter om alternativa, billigare musiktjänster utanför Apple-ekosystemet."
Apple meddelade att de kommer att överklaga EU:s beslut, vilket inleder en rättslig strid som kan pågå i flera år.
Apple rapporterade en intäkt på 119,6 miljarder dollar under det första kvartalet, inklusive 69,7 miljarder dollar enbart från iPhone, med försäljningen av enheten upp 6 % från föregående år.
Bli Premium och hjälp oss försvara företagarnas villkor
Vi är en fri röst för företagare – utan presstöd eller särintressen. Med ditt stöd kan vi fortsätta granska
myndigheter, dela kunskap och driva debatt i frågor som påverkar dig som företagare.
Tillsammans gör vi skillnad för landets värdeskapare.